وفي عام 1995م استطاع الجلبي أن يقنع إدارة الرئيس كلينتون بأنه يستطيع الإطاحة بنظام صدام حسين من خلال المعارضة الكردية، وبدون تدخل أمريكي كبير وهو ما كانت تحبذه الإدارة الأمريكية، فعاد الجلبي إلى العراق لقيادة انتفاضة للأكراد في شمال العراق ، ولكن الانقلاب فشل، وانتهى بمقتل المئات من الأكراد وتدمير مقر المؤتمر الوطني العراقي في مدينة أربيل على يد القوات العراقية؛ وهو ما دفع الإدارة الأمريكية وقتها إلى تجنب خطط الجلبي.
إلا أن الجلبي استطاع أن يوطد علاقاته مع تيار المحافظين الجدد حيث كان الجلبي يردد ما يود تيار المحافظين سماعه عن العراق، وتوطدت علاقاته بالأخص مع 'أمير الظلام' ريتشارد بيرل ، وقدم التيار المحافظ إلى إدارة كلينتون في عام 1998 مذكرة لإصدار قانون تحرير العراق ونجح الجلبي وتيار المحافظين الجدد في حشد التأييد في الكونجرس الأمريكي لتمرير القانون والذي أقر خطة تقديم نحو 100 مليون دولار لمساعدة قوى المعارضة العراقية، وعلى رأسها المؤتمر الوطني العراقي الذي يرأسه الجلبي؛ وذلك من أجل الإطاحة بحكم صدام، وطرح اسمه وقتها كأول المرشحين لتولي الحكم من بعد صدام.
علاقات الجلبي مع المحافظين الجدد كثيرة ومتشعبة، فمن بينهم معارفه من جامعة شيكاغو وهم بول وولفويتز زيتس وزالماي خليل زاده وشميت و ديك تشيني نائب الرئيس الأمريكي، كما يوجد له مناصرون آخرون في مكاتب الشرق الأوسط في البنتاجون ووزارة الخارجية، من بينهم بيتر رودمان، ودوجلاس فيث، وديفيد ورمسر، ومايكل روبن.
وكان من بين المعاهد الرائدة لسياسة المحافظين الجدد ولجان الخبراء البحثية التي وقفت خلف الجلبي منذ التسعينيات معهد المشروعات الأمريكي ومعهد واشنطن لسياسة الشرق الأدنى إضافة للمعهد اليهودي لشؤون الأمن القومي .